A hegyi-karabahi háború fegyveres konfliktus volt Azerbajdzsán és az Örményország által támogatott örmény többség között 1988 februárjától és 1994 májusáig a hegyi-karabahi enklávé birtoklásáért. A konfliktus előrehaladtával, a két korábbi szovjet köztársaság egy elhúzódó, hadüzenet nélküli háborúba bonyolódott a hegyekben, ahogy Azerbajdzsán megpróbálta megfékezni az elszakadási mozgalmat. A terület parlamentje megszavazta az Örményországgal való egyesülést, és ezt népszavazással erősítették meg, amit a terület azeri lakossága bojkottált. Az Örményországgal való egyesülés vágya, ami az 1980-as években erősödött fel, békés módon indult, azonban az elkövető hónapokban, ahogy a Szovjetunió felbomlása közeledett, fokozatosan egy növekvő erőszakosságú konfliktussá fajult az örmények és az azeriek között, ami végül etnikai tisztogatásokba torkollott mindkét félnél. 

A két népcsoport között azután kezdődtek meg a etnikai harcok, hogy a Hegyi-karabahi autonóm terület parlamentje megszavazta az Örményországgal való egyesülést 1988. február 20-án, majd ezzel a kéréssel fordultak a szovjet központi kormányzathoz. A Szovjetunió felbomlása miatt előálló körülmények segítették az elszakadási mozgalmat. Az Azerbajdzsántól való elszakadás bejelentése a területért folytatott hosszú konfliktus eredménye volt. Miután Azerbajdzsán 1991. augusztus 30-án kikiáltotta függetlenségét, szeptember 2-án Hegyi-Karabah szintén így cselekedett. A konfliktus 1992-re háborúvá nőtte ki magát.

1992-1993-ban az örmény és karabahi csapatok nemcsak Hegyi-Karabah területét, de több más környező vidéket is az ellenőrzésük alá vontak (pl. Laçın, Kelbadzsár, Fizuli, Agdam), összességében Azerbajdzsán területének mintegy ötödét (Hegyi-Karabah nélkül 9%-át), melyeknek lakosságát erőszakkal elűzték onnan. A háború 1994. május 16-án Moszkvában kötött fegyverszünettel zárult le, a két állam azóta sem kötött békét egymással. Mintegy 30 000 ember halt meg, és a harcok, valamint az etnikai tisztogatások miatt 230 000 örmény és 800 000 azeri menekült el.[16] 2009-ben még mindig legalább 573 000 menekült élt Azerbajdzsánban.